根据《医疗机构管理条例》的规定，从事疾病诊断、治疗活动的医院、卫生院、疗养院、门诊部、诊所、卫生所（室）以及急救站等医疗机构执业，必须进行登记，领取《医疗机构执业许可证》。

目前市场上医院之外开展基因检测的第三方机构大多选择以医学检验实验室的类别申请《医疗机构执业许可证》，因此还需要遵守《医学检验实验室基本标准（试行）》和《医学检验实验室管理规范（试行）》的相关规定。

取得了《医疗机构执业许可证》只是可以合法开展基因检测业务的第一步。根据原国家食品药品监督管理总局办公厅、原国家卫生和计划计生育委员会办公厅于2104年2月9日颁布的《关于加强临床使用基因测序相关产品和技术管理的通知》（食药监办械管〔2014〕25号）（以下简称“25号文”）的相关规定，国家卫生计生委确定的基因测序临床应用试点单位，可以按照医疗技术临床应用管理的相关规定试用基因测序产品，并做好相应技术的验证与评价。

同时，根据《独立医学检验实验室管理规范（试行）》的规定，医学检验实验室开展基因扩增、艾滋病检测、产前筛查与诊断、胚胎植入前遗传学筛查与诊断等特殊检验项目，应当按照国家卫生计生委相关规定通过有关部门审核。

因此，取得《医疗机构执业许可证》后，开展基因检测主体还需要就其基因检测活动中所使用的医疗技术取得事先审批。

根据《医疗机构临床实验室管理办法》、《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》（以下简称“临床基因扩增实验室管理办法”）等相关规定，开展临床基因扩增检验技术的医疗机构，应向省级卫生行政部门提出临床基因扩增检验实验室设置申请，通过技术审核后办理临床基因扩增检验项目的登记工作。对于擅自开展临床基因检验项目的医疗机构，由省级卫生行政部门依据《医疗机构管理条例》第四十七条和《医疗机构管理条例实施细则》第八十条处罚，并予以公告。公告所需费用由被公告医疗机构支付。

根据原国家卫生计生委医政医管司于2014年3月6日颁布的《关于开展高通量基因测序技术临床应用试点单位申报工作的通知》（国卫医医护便函[2014]44号）的规定，开展高通量基因测序技术的医疗机构，应就基因测序项目向所在地的省级卫生计生部门申请试点。

明确申请试点的基因测序项目包括：

1、遗传病诊断；

2、产前筛查和产前诊断；

3、植入前胚胎遗传学诊断；

4、肿瘤诊断与治疗等。

根据《医疗器械生产监督管理办法》的规定，开办第二类、第三类医疗器械生产企业的，应当向所在地省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门申请生产许可。

根据《医疗器械经营监督管理办法》，经营第一类医疗器械不需许可和备案，经营第二类医疗器械实行备案管理，经营第三类医疗器械实行许可管理。

目前国内模较大的基因检测公司，均会向基因检测的上游发展，自行生产、经营基因检测相关的测序仪、测序试剂和耗材，一般还获取了《医疗器械生产许可证》及《医疗器械经营许可证》（如华大基因等）。

根据临床基因扩增实验室管理办法的规定，医疗机构临床基因扩增检验实验室人员应当经省级以上卫生行政部门指定机构技术培训合格后，方可从事临床基因扩增检验工作；医疗机构临床基因扩增检验实验室如使用未经培训合格的专业技术人员从事临床基因扩增检验工作的，则可能由省级卫生行政部门责令其停止开展临床基因扩增检验项目，并予以公告，公告所需费用由被公告医疗机构支付。

根据《国家卫生计生委办公厅关于规范有序开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断工作的通知》（国卫办妇幼发〔2016〕45号）以及《产前诊断技术管理办法》的要求，从事妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断的专业技术人员应符合以下所有条件：

（1）从事临床工作的，应取得执业医师资格；

（2）从事医技和辅助工作的，应取得相应卫生专业技术职称；

（3）符合《从事产前诊断卫生专业技术人员的基本条件》；

（4）经省级卫生行政部门批准，取得从事产前诊断的《母婴保健技术考核合格证书》。

此外，从事孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测的实验室人员应当经过省级以上卫生计生行政部门组织的临床基因扩增检验技术培训，并获得培训合格证书。

对于非医疗机构和非医务人员开展孕妇外周血胎儿游离DNA采血或检测的，按照非法行医进行查处；对不具备资质开展孕妇外周血胎儿游离DNA检测或采血的，按照《医疗机构管理条例》第四十七条、《产前诊断技术管理办法》第三十条等规定进行处罚。

根据《医疗器械监督管理条例》以及《体外诊断试剂注册管理办法》的规定，与人类基因检测相关的试剂属于第三类体外诊断试剂。根据《医疗器械经营质量管理规范》的规定，从事体外诊断试剂的质量管理人员中，应当有1人为主管检验师，或具有检验学相关专业大学以上学历并从事检验相关工作3年以上工作经历。从事体外诊断试剂验收和售后服务工作的人员，应当具有检验学相关专业中专以上学历或者具有检验师初级以上专业技术职称。

根据25号文的相关规定，基因测序诊断产品（包括基因测序仪及相关诊断试剂和软件），通过对人体样本进行体外检测，用于疾病的预防、诊断、监护、治疗监测、健康状态评价和遗传性疾病的预测等，符合医疗器械的定义，应作为医疗器械管理，并应按照《医疗器械监督管理条例》及相关产品注册的规定申请产品注册；未获准注册的医疗器械产品，不得生产、进口、销售和使用。其中，用于临床检测的基因测序仪、诊断软件产品，按照《医疗器械注册管理办法》的相关程序和要求申请注册；相关体外诊断试剂，按照《体外诊断试剂注册管理办法（试行）》的相关程序和要求申请注册。

根据《医疗器械注册管理办法》确立的监管原则，第一类医疗器械（以下简称“I类医疗器械”）实行备案管理。第二类医疗器械（以下简称“II类医疗器械”）、第三类医疗器械（以下简称“III类医疗器械”）实行注册管理。根据相关法律规定，常见基因检测产品的分类如下：

根据2014年1月14日，原国家食品药品监督管理总局颁布的《国家食品药品监督管理总局办公厅关于基因分析仪等3个产品分类界定的通知》（食药监办械管〔2014〕8号）（以下简称“8号文”）的规定，测序反应通用试剂盒（测序法）划为I类医疗器械管理产品。

根据8号文的规定，基因分析仪（是指由移液模块、成像检测模块、数据处理模块及显示控制部分组成，通过对样本中DNA或RNA分析，检测人基因数量和序列变化的医疗器械）作为III类医疗器械管理。

根据《关于多功能超声骨刀等127个产品分类界定的通知》（食药监办械管[2015]104号）的规定，对特定基因进行分析的基因检测试剂盒，通常被划分为III类医疗器械进行管理。

根据《体外诊断试剂注册管理办法》根据产品风险程度由低到高，体外诊断试剂分为第一类、第二类、第三类产品。而与人类基因检测相关的试剂属于第三类产品。

根据8号文的规定，胎儿染色体非整倍体（T21、T18、T13）基因检测（测序法）Z值计算软件：由表1、表2两部分组成，导入并计算由BGISEQ基因分析仪输出的特定（21、18和13号）染色体上的有效DNA序列数据，获得对应染色体唯一比对比率（UR%），与正常样本比较获得Z值，用于产前染色体非整倍体（T21、T18和T13）基因检测数据计算。如果软件仅使用通用函数计算，不按照医疗器械管理；如果使用企业特有算法，则作为Ⅱ类医疗器械管理。分类编码6870。

虽然根据前述25号文的规定，基因测序诊断产品应当按照医疗器械进行管理，取得相应的备案或注册许可证，但是在目前基因检测行业内，普遍存在使用未取得医疗器械注册/备案的基因检测产品的现象。

以肿瘤基因检测行业为例，在2018年7月23日之前，CFDA尚未批准任何相关基因检测产品。直到原国家食品药品监督管理总局发布了《2018年07月23日准产批件发布通知》，其中由广州燃石医学检验所有限公司申请的“人EGFR/ALK/BRAF/KRAS基因突变联合检测试剂盒（可逆末端终止测序法）”获得准产批件，该产品将成为中国首个获得CFDA批准的NGS肿瘤多基因检测试剂盒。

此外，基因检测行业中大量使用了进口产品，而根据《医疗器械注册管理办法》的规定，申请注册或者办理备案的进口医疗器械，应当在申请人或者备案人注册地或者生产地址所在国家（地区）已获准上市销售，但是很多进口基因检测产品在其母国尚未获准上市销售，因此在国内暂时无法申请注册或办理备案。

但是值得关注的是，越来越多的基因检测产品（如基因检测试剂盒等）通过创新医疗器械特别审查程序成功获得审批上市。